
Pues resulta que la respuesta estaba disponible en una entrada de los fórums de CmapTools. Suerte que una respuesta de Rodrigo Carvajal a la lista de distribución de CmapTools en español me facilitó su localización.
La solución es bien sencilla: Es suficiente hacer clic en el logo del programa cuando arranca, y éste desaparece, y podemos rellenar, sin problemas, el formulario. Y fuera problemas.

Nota: Todas las pruebas se han hecho empleando una Ubuntu 9.04, pero debería funcionar en cualquier otra distribución.