Para poder rellenar el formulario, hemos de hacer verdareros ejercicios malabares moviendo la ventana que queda escondida. Y, en según que resoluciones de pantalla, la cosa se convierte en misión casi imposible.Pues resulta que la respuesta estaba disponible en una entrada de los fórums de CmapTools. Suerte que una respuesta de Rodrigo Carvajal a la lista de distribución de CmapTools en español me facilitó su localización.
La solución es bien sencilla: Es suficiente hacer clic en el logo del programa cuando arranca, y éste desaparece, y podemos rellenar, sin problemas, el formulario. Y fuera problemas.

Nota: Todas las pruebas se han hecho empleando una Ubuntu 9.04, pero debería funcionar en cualquier otra distribución.